Chybí zde pouze větší šelmy medvěd a vlk, vyhubené zde člověkem až v 19. stol. Původně již ve středověku byli vyhubeni velcí kopytníci zubr a los, který je však již opět součástí zvířeny, byť jen v jižní části Šumavy.

Z atraktivních druhů je dnes nejznámější od 80. let úspěšně reintrodukovaný rys ostrovid. Velké druhy kopytníků, především jelen lesní, jsou za absence ostatních predátorů uměle myslivecky obhospodařovány. Hlavním obsahem péče o zvěř v národním parku je ochrana původních a ohrožených druhů, jejich biotopů a optimalizace početnosti druhů.

Charakteristické pro lesy vyšších poloh Šumavy je však zejména zastoupení ptáků s tzv. boreomontánním rozšířením (tj. druhů žijících v severské tajze a středoevropských horách). Z nich jsou nejznámější např. lesní kuři - tetřev hlušec v horských lesích, tetřívek na rašeliništích a otevřených mokřadech i celoplošně hojnější jeřábek lesní.